港珠澳大桥建设以来，施工落实各项环保措施屡开内地交通基建领域之先河。承建大桥工程岛隧项目的中交股份公司负责人说：“中交股份的业务足迹遍及世界100多个国家和地区，港珠澳大桥是我们有史以来执行的最高环保标準。”逾3200个日夜的工期裏，带给数万名建设者不仅技术创新，还有环保观念的改变。
珠江口现有的白海豚是全世界资源数量最多的稀缺群体，而港珠澳大桥工程穿越期间，共有超过100家建设单位、数万名施工人员，要在9年工期裏保护好白海豚，意味着每一个环节都必须严加控制。
“铅灰色的白海豚是刚出生的，灰色的是年轻，粉红色就成年了。”对这些“海上大熊猫”的特征、习性如数家珍的，除了大桥工程不同合同段的安全环保部人员外，还有每一艘施工船上的白海豚观察员。
大桥设计阶段已针对白海豚保护进行诸多调整，如减少桥墩、人工岛成岛及基槽开挖工艺优化、由海上作业变为陆地工厂化作业等，相应增加工程造价逾36.7亿元。而大桥主体工程动工以来，直接投入白海豚生态补偿费用8000万元，加上用於施工中相关的监测、环保顾问、渔业资源生态损失补偿、环保课题研究等费用，共计约3.4亿元。有环保专家称，“以往工程大多为经济发展服务，不少人觉得耗费巨资的环保工作不值得，也有诸多不适应；但从港珠澳大桥开始，改变在发生。”