“我们的主要工作是以望远镜观察海面，观测5分鐘以上，而在中华白海豚繁殖高峰期的4到8月，升至10分鐘，确保施工範围内没有白海豚活动后方可开始施工。”港珠澳大桥岛隧工程一艘施工船的白海豚观察员告诉记者，一旦发现白海豚活动，人、船、工均为豚绕行。而针对水下作业等情况，引入“声驱法”，编製水下爆破白海豚保护专项实施方案。
港珠澳大桥所处的珠江口是现时中国水运业最繁忙、通航环境最複杂的水域。进入大桥施工区域，航船实施限速10节以内，以防止船撞白海豚。而按《中华白海豚保护管理手册》规定，船长为白海豚保护直接责任人，每船设立白海豚观察员要求每天5次进行海面500米範畴内目测观察并做好观察纪录，发现白海豚活动即停止施工，船舶绕行。
大桥在施工过程中採用声墙驱赶与噪音驱赶（“声驱法”）护豚，前者是以爆破点为中心，安排三到四艘船舶，呈扇形均匀分布，往开阔水域方向驱赶半径为一千五百米；而后者是船隻採用不规则变速行驶，发出大小不规则噪音，促使白海豚迅速逃逸。